Initialement le client (java web start) DocDoku communiquait au serveur (composants ejb) à l’aide du protocole corba IIOP.
Malheureusement, à tort ou à raison, les proxies http sont souvent le passage obligé pour accéder à internet dans de nombreuses sociétés.
Nous avons donc décidé de passer aux web services. Aujourd’hui cette migration est terminée mais je dois avouer que ce fut plus compliqué que prévu. Voici un bref retour d’expérience :

Au niveau sécurité, les options sont nombreuses, nous avons néanmoins opté, par prudence, pour la simplicité : authentification basic sur du SSL.
Ce poste explique ceci en détails.

Ensuite, la grande difficulté a été d’utiliser nos POJOs sur le client et le serveur sans passer par une couche d’objets intermédiaires mappant le wsdl.
Etrangement, aucun tutorial de Sun n’explique clairement cela et les assistants de netbeans génèrent invariablement cette couche d’objets (avec la commande wsimport) même si le webservice a été créé à partir d’une interface SEI (Service Endpoint Interface).
Sous les conseils d’Alexis, j’ai filé un bug chez netbeans.
Enfin, la solution est la suivante, il faut donc définir une interface pour l’EJB avec endpoint webservice et non simplement annoter les méthodes avec @WebMethod.
Ensuite, importer les classes produites par wsgen également sur le client.
Enfin, récupérer le web service Port par javax.xml.ws.Service.getPort(Class<T> serviceEndpointInterface).